怀孕40天，可以选择做药物流产，也可以选择无痛人流，不管是哪一种方式，对身体都是会造成一定的伤害的。

在做流产之前首先需要彩超检查确认宫内妊娠，了解孕囊大小，如果孕囊大小在15mm左右，那么就可以终止妊娠了，至于流产方式的选择，如果既往无生育史，无流产史，可以选择药物流产，因为临床观察对首次妊娠行药物流产的成功率高于既往有孕产史的人，如果既往有孕产史，建议可以选择做人流，可以选择无痛人流，不管是哪一种方式，对身体都是会造成一定的伤害的。